En 1528, los franceses, reconociendo el valor estratégico de Puerto Rico, saquearon y quemaron el pueblo de San Germán, al suroeste de la isla. El único poblado que se quedó fue la capital, San Juan.

Siete años más tarde, comenzó la construcción de defensas masivas alrededor de San Juan, incluyendo el Fuerte San Felipe del Morro a la entrada de la bahía de San Juan.

En 1587, los ingenieros Juan de Tejada y Juan Bautista Antonelli rediseñaron el fuerte San Felipe del Morro, cuyos cambios perduraron.

Clifford y sus hombres encontraron resistencia de los españoles mientras intentaban cruzar el puente de San Antonio (desde un área conocida en la actualidad como El Condado (Puerto Rico) a la ensenada de San Juan.

El año siguiente, España envió soldados, cañones y un nuevo gobernador, Alonso de Mercado, para reconstruir la ciudad de San Juan.

El 25 de setiembre de 1625, los holandeses, liderados por Balduino Enrico, atacaron San Juan y sitiaron el Fuerte San Felipe del Morro y La Fortaleza. Los residentes huyeron de la ciudad, pero los españoles, liderados por el gobernador Juan de Haro, pudieron repelar el ataque holandés.

La fortificación de San Juan continuó; en 1634, Felipe IV de España fortificó el Fuerte de San Cristóbal, junto con seis fortalezas conectadas por una línea de muros de arenisca que rodeaban la ciudad.

En 1702, los ingleses asaltaron sin éxito el pueblo de Arecibo, localizado en la costa norte, al oeste de San Juan. Los británicos intentaron nuevamente conquistar la isla, atacando San Juan con una fuerza de invasión compuesta por 7000 hombres y una armada de 64 barcos de guerra, bajo el mando del general Ralph Abercromby.

En 1809, el gobierno español, contrario a Napoleón, se reunió en Cádiz, al sur de España. El 10 de agosto de 1815, fue promulgada la Real Cédula de Gracia que permitía a los extranjeros ingresar a Puerto Rico (incluyendo refugiados franceses de La Española) y abría el puerto al comercio con otras naciones fuera de España.