La isla fue un puesto militar importante durante muchas guerras entre España y otras potencias europeas por el control de la región en los siglos XVI, XVII y XVIII.

Estados Unidos.

La Ley Foraker de 1900, que estableció un gobierno civil, y la Ley Jones de 1917, que otorgó la ciudadanía norteamericana a los puertorriqueños, preparó el camino para la redacción de la Constitución de Puerto Rico y para el establecimiento de elecciones democráticas en 1952; sin embargo, el estatus político de Puerto Rico, un Estado libre asociado controlado por los Estados Unidos, sigue siendo una anomalía a más de 500 años que los primeros europeos se asentaron en la isla.

Para el momento de la llegada de Colón, se estima que habitaban la isla entre 30 y 60 mil taínos, liderados por el cacique (jefe) Agüeybaná. Cuando llegaron los españoles en 1493, estaban teniendo lugar conflictos con los invasores caribes que se estaban trasladando hacia las Antillas.

Los indios taínos llamaban a la isla Borikén, lo cual de acuerdo a los datos de la época, significa «tierra de cangrejos o buruquenas, véase: Boru-quen, buru-quena» otros piensan que significa «tierras del valiente señor» por «bo» raíz de señor, «ri» valiente, y «kén» tierras. Es por esto que a Puerto Rico se le conoce como Borinquen, y a los puertorriqueños como boricuas.

En 1511, un segundo asentamiento, San Germán, fue establecido en la parte suroeste de la isla.

El canónigo Alonso de Manso fue nombrado obispo de la diócesis de Puerto Rico. Puerto Rico también se convertiría en el primer centro de operaciones eclesiástico en el Nuevo Mundo durante el papado de León X y en el centro de la Inquisición Española en el Nuevo Mundo.

A inicios de la colonización de Puerto Rico, también se realizaron intentos para quitar a España el control de Puerto Rico. No obstante, estos no serían los últimos intentos por obtener el control de Puerto Rico.