Amenazas europeas
Animados por la posibilidad de inmesa riqueza, muchas potencias europeas hicieron intentos de despojar a España del control de las Américas en los siglos XVI, XVII y XVIII.

También destruyeron muchas de los primeros asentamientos de la isla, incluyendo Guánica, Sotomayor, Daguao y Loíza, antes de que la milicia local forzara su retirada. El único poblado que se quedó fue la capital, San Juan.

Fuerte San Felipe del Morro a la entrada de la bahía de San Juan.

En 1587, los ingenieros Juan de Tejada y Juan Bautista Antonelli rediseñaron el fuerte San Felipe del Morro, cuyos cambios perduraron.

El 22 de noviembre de 1595, el corsario inglés Francis Drake, junto con 27 naves y 2500 hombres, navegó hacia la bahía de San Juan con el propósito de saquear la ciudad.

Fueron forzados a abandonar la isla debido a un brote de disenteria entre las tropas.
El 25 de setiembre de 1625, los holandeses, liderados por Balduino Enrico, Ralph Abercromby.

En medio de constantes ataques, surgieron las primeras muestras de la sociedad puertorriqueña. Mientras todavía juraban lealtad al Rey, la Junta Suprema Central invitó a representantes elegidos por las colonias. Ramón Power y Giralt fue nominado como el delegado local en las Cortes de Cádiz.

Fue la Ley Poder que designaba cinco puertos para el comercio libre -Fajardo, Mayagüez, Aguadilla, Cabo Rojo y Ponce— y establecía reformas económicas con el fin de desarrollar una economía más eficiente.

La cédula también dio tierras a toda aquel que jurara lealtad a la Corona Española y su fidelidad a la Iglesia Católica Romana.

Alemania, Córcega, Irlanda, Francia, Portugal, las islas Canarias

Sin embargo, estos pequeños avances en autonomía y derechos tuvieron corta vida. Tras la caída de Napoleón, el poder absoluto regresó a España, con lo cual se revocó la Constitución de Cádiz y se volvió a instituir a Puerto Rico en su anterior condición como colonia administrativa, sujeta al poder irrestricto del monarca español.

El 25 de junio de 1835, la reina María Cristina abolió el comercio de esclavos a las colonias españolas. En 1851, el gobernador Juan de la Pezuela Cevallos fundó la Academia Real de Bellas Artes.