A finales del siglo XIX hubo un movimiento para hacer de Puerto Rico una república independiente.
La mayoría de la población de Puerto Rico era analfabeta (83,7%) y vivía en situación de pobreza.
En enero de 1868, Betances había fundado el Comité Revolucionario de Puerto Rico. Posteriormente, con la Primera República Española, el 22 de marzo de 1873, la Asamblea Nacional española abolió oficialmente la esclavitud, con solo unas pocas cláusulas especiales.
Más tarde, ambos partidos cambiarían sus nombres a Partido Federal Reformista y Partido Español Incondicional. En marzo de 1887, el Partido Federal Reformista fue reformado y denominado Partido Autonomista Puertorriqueño que trataba de crear una identidad política y legal para Puerto Rico, aunque emulaba a España en todos los asuntos políticos. Era liderado por Román Baldorioty de Castro, José Celso Barbosa, Rosendo Matienzo Cintrón y Luis Muñoz Rivera.
Tras 400 años de dominio español, Práxedes Mateo Sagasta, el Primer Ministro español, otorgó a la isla un gobierno independiente en el cuerpo legislativo del imperio en Cádiz, España. En febrero de 1898, el gobernador general Manuel Macías inauguró el nuevo gobierno de Puerto Rico bajo la Carta Autónoma que otogaba a los consejos completa autonomía en asuntos locales.
Henna y Todd también proveyeron de información al gobierno estadounidense sobre la presencia militar española en la isla. El 24 de abril, el Ministro de Defensa español Segismundo Bermejo envió instrucciones al almirante español Cervera para dirigirse con su flota desde Cabo Verde hacia el Caribe, en especial a Cuba y Puerto Rico.
El 25 de junio, el navío USS Yosemite bloqueó el puerto de San Juan. El 18 de julio, el general Nelson A. Miles, comandante de las fuerzas estadounidenses, recibió órdenes de navegar hacia Puerto Rico y desembarca a sus tropas.
España renunció a todo reclamo por Cuba, cedió Guam, Puerto Rico y sus islotes a los Estados Unidos, y transferió la soberanía sobre las Filipinas a los Estados Unidos por $20.000.000.
El general John R. Brooke se convirtió en el primer gobernador militar estadounidense de la isla.